1939年9月4日，板垣被赶出最高决策层。任命为中国派遣军第一任参谋长，辅佐西尾寿造大将，他为结束自己发动的战争进行了最后一搏，进行了诱降蒋介石的桐工作，要求亲自飞往中**队控制的长沙面见蒋介石，只求保住伪满洲国和日本在长城以内的商业利益，日本就撤军。但蒋介石却不为所动，板垣从此在日军中越发边缘化。1941年7月7日，板垣晋升陆军大将，调到朝鲜担任朝鲜军司令。1943年任最高军事参议官。1945年2月1日日，复兼任驻朝鲜的第17方面军司令官。同年4月7日，在第二次世界大战即将结束，日本面临败亡之际，板垣被调任第7方面军司令，指挥第16军、第25军和第29军，设司令部于新加坡，指挥日军在荷属东印度和马来亚等地同盟军作战。8月15日，日本宣布无条件投降。9月间，板垣率第7方面军在新加坡向英军投降。

终上绞架

板垣征四郎深知自己积极参与了几乎全部日军侵华活动，又积极参与了侵略朝鲜及东南亚的活动，历任关东军参谋长、陆军大臣、中国派遣军总参谋长、驻朝日军总司令等要职，一定会被作为战犯处理的，他想逃过英军对他的监控，逃往南美洲。于是，他向英军驻新司令官史密斯行贿了价值30万美元的白金、黄金和天然钻石。史密斯显然看透了板垣征四郎的心思，他先假意收下这份礼物，同时命令加紧对板垣征四郎的监控。

1945年12月，作恶多端的板垣征四郎终于作为战争罪嫌疑犯在新加坡被逮捕，押解至东京，关于巢鸭监狱候审。1946年5月，远东国际军事法庭开始对板垣征四郎等28名甲级战犯开庭审判。地点就在东京市原日本陆军大本营的大讲堂。板垣征四郎被起诉犯有“破坏和平罪”、“杀人罪”、“分裂中国”等10项战争罪行。

经过长达两年的法庭调查审理后，法庭认定板垣征四郎一手策划了九一八事变，扶植“满洲国”，制造内蒙、华北“自治”运动;率军在七七事变后，扩大侵华战争，任陆军大臣期间进一步扩大侵略中国，并扶植“汪精卫政府”分裂中国;另外，对日军侵略苏联领土行为负有不可推卸的领导责任;任职期间积极推行战争政策，奴役占领区人民，等等罪行，事实俱在，证据确凿。最后，远东国际军事法庭判定板垣征四郎进行了对中国、美国、英联邦、荷兰及苏联实行侵略战争的阴谋，他明知这些战争是侵略战争却积极发动，并在其实行中担任了很重要的角色”。同时，法庭还判定他犯有“违反战争惯例和违反人道罪，对于南洋群岛占领区数千人的死亡和痛苦，犯有不可推卸的直接责任”。

1948年12月22日，背负累累血债的板垣终于被送上正义审判的绞刑架，去偿还他的血债。

亲属成员

他的祖父直作(号桑阴)，是藩主讲师，神道教徒，在明治维新时隐居乡野，潜心研究汉学。父亲正德也是个神道教徒，曾长期担任地方长官，同时兼任川原家政女子学校的校长。板垣自幼随祖父母生活，从4岁起，视他为掌上明珠的祖父就亲自教他学习汉学。板垣征四郎日后成为日本陆军中的三大“中国通”之一，与祖父对他幼年的汉学教育不无关系。