1905年7月，孙中山、黄兴、陈天华等70余人在东京集会，决定成立中国同盟会，作为全国的革命领导中心。兴中会、华兴会、光复会以及其他小团体的成员陆续加入。孙中山手书8月中旬，孙中山在留学生欢迎会上发表了《中国应建设共和国》的演说。同月20日，中国同盟会召开成立大会，孙中山被推为总理，黄兴被推为执行部庶务，会议确定了驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权的16字纲领。11月，同盟会机关报《民报》出版，孙中山在发刊词中首次提出以民族、民权、民生为核心内容的三民主义。中国同盟会成立大会于1905年在东京召开后，一批日本人积极支持孙中山的革命活动，例如毕生支持中国革命事业的宫崎滔天;又如长崎的富翁梅屋庄吉等。日本离中国很近，又是一个岛国，那里成为革命党躲避镇压、联络同志、建立组织、筹措资金、培养力量的好去处，并从当地引来众多帮助中国革命的人。戊戌维新运动失败后，康有为、梁启超流亡海外，仍以保皇相号召。《民报》创办后，汪兆铭即同梁启超主编的《新民丛报》展开论战。辩论结果，革命派占据上风，改良派的政治影响大为衰落。

革命派积极发动了多次武装起义。起义虽然都失败了，使中国同盟会的精华遭到重大损失，但有力地冲击了清王朝的统治，扩大了革命影响。民族资产阶级中的一部分，因切身利益与帝国主义发生矛盾，参加并领导了收回路矿权运动和抵制美货运动。

1907年初，孙中山因接受日本政府和商人赠款，留给总部的办报经费又相当之少，终于激起了中国同盟会内部的反抗，章太炎、陶成章、张继等人要求孙中山辞去中国同盟会总理职务，另举黄兴担任总理。宋教仁是支持章太炎等人主张的。后因黄兴、刘揆一极力劝阻，为大局计，宋教仁才改变态度。然而，革命阵营的分裂局面已经出现，让宋教仁忧心忡忡。该年2月28日，当他闻知孙中山与黄兴因国旗问题争得不可开交时(孙坚持用青天白日旗，黄认为该旗与日本旗相似，万不可用。孙不让步，黄提出辞职)。2月，广州新军举事失败之后，悲观失望情绪笼罩整个革命阵营，革命党人信心大减、斗志衰弱，而中国同盟会的领袖孙中山却对革命矢志不渝。坚持不懈。为了挽救革命，该年5月，趁孙中山来日本之际，宋教仁与谭人凤等人请求孙中山改革会务，扩大民主，减少决策失误。可是孙中山却对宋曾经支持章太炎耿耿于怀，态度十分横蛮，而且极不负责任。他冷冷地对宋教仁说:“同盟会已经取消，有力者尽可另树一帜。”

宋教仁等人对孙中山彻底失望，为了让革命不至于半途而废，宋教仁、谭人凤等人于该年6月，在东京研究决定，成立中国同盟会中部总部，调整革命策略、重整革命队伍，以期早日革命成功。会上，宋教仁以政治家的胆识，彻底否定了孙中山在两广沿海地区零敲碎打的自杀式会党策略。中国同盟会中部总部在上海成立后，宋教仁作为中部总部的灵魂人物，领导革命党人以长江中下游地区为革命重心，加强与各革命团体的联系与联合，并制订了1913年在两湖及江淅同时起事的战略部署。

1911年3月，武汉新军各标营均已经建立起文学社的组织。共进会主要集中于新军八镇第16协第32标发展会员。武昌起义时已经有5000多名士兵加入了文学社和共进会，约占新兵总人数的三分之一。文学社和共进会是新兴知识阶层的革命组织，新军士兵是发动革命的潜在力量，文学社和共进会一直以新军士兵作为主要工作对象。